Publications

Publications scientifiques

2024

Giraud Carolane, Boissery Pierre, Dalongeville Alicia, Dejean Tony, Deter Julie, Lacoeuilhe Aurélie et Mouillot David. (2024). Guide d’utilisation de l’ADN environnemental en milieu marin. Connaître, comprendre et utiliser l’ADNe pour préserver la biodiversité marine. 88p. https://www.vigilife.org/wp-content/uploads/guide-milieu-marin-bd.pdf
Pergent-Martini, Christine & André, Serena & Castejon, Ines & Deter, Julie & Frau, Francesca & Gerakaris, Vasilis & Mancini, Gianluca & Molenaar, Heike & Montefalcone, Monica & Oprendi, A & Pergent, Gerard & Poursanidis, Dimitris & Royo, L & Terrados, Jorge & Tomasello, Agostino & Ventura, Daniele & Villers, Frederic. (2024). GUIDELINES FOR THE ACTIVE RESTORATION OF POSIDONIA OCEANICA. https://www.researchgate.net/publication/381127318_GUIDELINES_FOR_THE_ACTIVE_RESTORATION_OF_POSIDONIA_OCEANICA
Prioux, Camille & Ferrier-Pagès, Christine & Deter, Julie & Tignat-Perrier, Romie & Guilbert, Antonin & Ballesta, Laurent & Allemand, Denis & van de Water, Jeroen. (2024). Phylosymbiosis and co-phylogeny in the holobionts of octocorals from the Mediterranean Sea and Red Sea. 10.21203/rs.3.rs-4780615/v1.
Macé B., Mouillot D., Dalongeville A., Bruno M., Deter J., Varenne A., Gudefin A., Boissery P., Manel S. « The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves » Molecular Ecology (2024) 2024;00:e17373. DOI: 10.1111/mec.17373
Bockel T., Marre G., Delaruelle G., Agel N., Boissery P., Guilhaumon F., Mouquet N., Mouillot D., Guilbert, Deter J. « Early signals of Posidonia oceanica meadows recovery in a context of wastewater treatment improvements » Marine Pollution Bulletin (2024) Volume 201, 116193. https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2024.116193
Manel S., Mathon L., Mouillot D., Bruno M., Valentini A., Lecaillon G., Gudefin A., Deter J., Boissery P., Dalongeville A. Benchmarking fish biodiversity of seaports with eDNA and nearby marine reserves. Conservation Letters (2024) DOI: 10.1111/conl.13001. https://medtrix.fr/wp-content/uploads/2024/01/Conservation-Letters-2024-Manel-Benchmarking-fish-biodiversity-of-seaports-with-eDNA-and-nearby-marine-reserves.pdf

Bockel T., Holon F., Deter J. IMPACT 2021: Map of anthropogenic pressures in French mediterranean coastal waterbodies. Seanoe (2024) DOI 10.17882/98195 https://www.seanoe.org/data/00870/98195/

2023

Bockel T., Marre G., Delaruelle G., Holon F., Boissery P., Blandin A., Mouquet N., Julie Deter « Anchoring pressure and the effectiveness of new management measures quantified using AIS data and a mobile application » Marine Pollution Bulletin (2023) 195:115511. DOI:10.1016/j.marpolbul.2023.115511
Faure Nadia, Manel Stéphanie, Macé Bastien, Arnal Véronique, Guellati Nacim, Holon Florian, Barroil Adèle, Pichot Franck, Riutort Jean-Jacques, Insacco Gianni, Zava Bruno, Mouillot David, Deter Julie. « An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.) » Aquatic Conservation (2023). https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/aqc.3954
Mathon Laetitia, Marques Virginie, Manel Stéphanie, Albouy Camille, Andrello Marco, Boulanger Emilie, Deter Julie, Hocdé Régis, Leprieur Fabien, Letessier, Nicolas Loiseau Tom B., Maire Eva, Valentini Alice, Vigliola Laurent, Baletaud Florian, Bessudo Sandra, Dejean Tony, Faure Nadia, Guerin Pierre-Edouard, Jucker Meret, Juhel Jean-Baptiste, Polanco Kadarusman, Andrea F., Pouyaud Laurent, Schwörer Dario, Thompson Kirsten F., Troussellier Marc, Sugeha Hagi Yulia, Velez Laure, Zhang Xiaowei, Zhong Wenjun, Pellissier Loïc, Mouillot David. « The distribution of coastal fish eDNA sequences in the Anthropocene » Global Ecology and Biogeography (2023). https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/geb.13698

2022

Ballesta L., Massey J.-L., Guilbert A., Holon F., Delaruelle G., Blandin A., Marre G., Rauby T., Mouillot D., Velez L., Dejean T., Di Iorio L., Hocde R., Furfaro G., Jorry S., Bouchette F., Ferrier-Pages C., Charriere A., Izart A., Ferrandini M., Pluquet F., Pergent G., Pergent-Martini C., Luongo G. Danovaro R., Boissery P., Cancemi M., Deter J. « State of knowledge on the deep coralligenous rings of cape corsica following the scientific expedition Gombessa 6 (2021) » Proceedings of the Mediterranean Symposia on marine gevetation, corallineous, dark habitats & non-indigenous species (2022) à Genoa (Italie). https://symposia.spa-rac.org/proceedings/?fbclid=IwAR1pEEHWd_7ayqEBRiVi71kWct_ka5Ul0uIl6mkBACpfL3IiOGUFOgb95FM
Houngnandan F., Benkhabcheche F., Hardy P.-Y., Guilbert A., Tribot A.-S., Pourtau M., Sutton G., Barroil A., Holon F., Boissery P., Deter J. « Participative mapping and aerial photographs help to show the strong decline of North-eastern Posidonia oceanica seagrass beds (French Occitanie region » Proceedings of the Mediterranean Symposia on marine gevetation, corallineous, dark habitats & non-indigenous species (2022) à Genoa (Italie). https://symposia.spa-rac.org/proceedings/?fbclid=IwAR1pEEHWd_7ayqEBRiVi71kWct_ka5Ul0uIl6mkBACpfL3IiOGUFOgb95FM
Bockel T., Holon F., Marre G., Delaruelle G., Boissery P., Deter J. « AIS data help to manage anchoring and its impact on French seagrass meadows. » Proceedings of the Mediterranean Symposia on marine gevetation, corallineous, dark habitats & non-indigenous species (2022) à Genoa (Italie). https://symposia.spa-rac.org/proceedings/?fbclid=IwAR1pEEHWd_7ayqEBRiVi71kWct_ka5Ul0uIl6mkBACpfL3IiOGUFOgb95FM
Bockel T Holon F., Delaruelle G., Deter J., Gervaise C., Boissery P. « A new map atlas of the biodiversity in coastal waters ». Proceedings of the Mediterranean Symposia on marine gevetation, corallineous, dark habitats & non-indigenous species (2022) à Genoa (Italie). https://symposia.spa-rac.org/proceedings/?fbclid=IwAR1pEEHWd_7ayqEBRiVi71kWct_ka5Ul0uIl6mkBACpfL3IiOGUFOgb95FM
Muff M., Jaquier M., Marques V., Ballesta L., Deter J., Bockel T., Hocdé R., Juhel J.-B., Boulanger E., Guellati N., Polanco Fernández A., Valentini A., Dejean T., Manel S., Albouy C., Durville P., Mouillot D., Holon F., Pellissier L. « Environmental DNA highlights fish biodiversity in mesophotic ecosystems ». Environmental DNA (2022) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/edn3.358
Dalongeville A., Boulanger E., Marques V., Charbonnel E., Hartmann V., Santoni M.-C., Deter J., Valentini A., Lenfant P., Boissery P., Dejean T., Velez L., Pichot F., Sanchez L., Arnal V., Bockel T., Delaruelle G., Holon F., Milhau T., Romant L., Manel S., Mouillot D. « Benchmarking eleven biodiversity indicators based on environmental DNA surveys: More diverse functional traits and evolutionary lineages inside marine reserves. » Journal of Applied Ecology (2022). https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1365-2664.14276
Traganos D., Lee C. B., Poursanidis D., Poursanidis D., Čižmek H., Deter J., Mačić V., Montefalcone M., Pergent G., Pergent-Martini C., Ricart A. M., Reinartz P. « Spatially Explicit Seagrass Extent Mapping at 10 m Across the Entire Mediterranean. » Fontiers in Marine Science (2022) https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2022.871799/abstract
Deter J., Bockel T., Delaruelle G., Holon F., Ballarin M., Duschene T., Boissery P. 2022. « Préservation des posidonies : les ressorts d’une collaboration efficace. » Regards sur la Biodiversité de la SFE² – R104. https://sfecologie.org/regard/r104-juin-2022-j-deter-et-al-posidonies/
Sanchez L., Boulanger E., Arnal V., Boissery P., Dalongeville A., Dejean T., Deter J., Guellati N., Holon F., Juhel J.-B., Lenfant P., Leprieur F., Valentini A., Manel S., Mouillot D., « Ecological indicators based on quantitative eDNA metabarcoding: the case of marine reserves. Ecological Indicators » 140 (2022) 108966

2021

Boulanger E., Loiseau N., Valentini A., Arnal V., Boissery P., Dejean T., Deter J., Guellati N., Holon F., Juhel J.-B., Lenfant P., Manel S., Mouillot D. « Environmental DNA metabarcoding reveals and unpacks a biodiversity conservation paradox in Mediterranean marine reserves. » Proceedings of the Royal Society. Biological Series (2021) 288: 20210112
Houngnandan F., Kéfi F., Bockel T., Deter J. « The joint inﬂuence of environmental and anthropogenic factors on the invasion of two alien caulerpae in northwestern Mediterranean ». Biological Invasions (2021) https://rdcu.be/cz2Nu
Di Iorio L., Audax M., Deter J., Holon F., Lossent J., Gervaise C., Boissery P. « Biogeography of acoustic biodiversity of NW Mediterranean coralligenous reefs. » Scientific Reports (2021) 11: 16991. https://www.nature.com/articles/s41598-021-96378-5https://www.nature.com/articles/s41598-021-96378-5
Deter J., Holon F., Mouillot D., Hocdé R. « Gombessa 6 « Cap Corse » cruise: CTD profiles in Corsica, NW Mediterranean sea, July 2021 ». SEANOE (2021) https://www.seanoe.org/data/00784/89637/
Reynes L., Thibaut T., Mauger S., Blanfuné A., Holon F., Cruaud C., Couloux A., Valéro M. et Aurelle D. « Genomic signatures of clonality in the deep water kelp Laminaria rodriguezii » Molecular Ecology (2021) https://doi.org/10.1111/mec.15860
Environmental DNA metabarcoding reveals and unpacks a biodiversity conservation paradox in Mediterranean marine reserves. Proceedings of the Royal Society. Biological Series 2021. Emilie Boulanger, Nicolas Loiseau, Alice Valentini, Véronique Arnal, Pierre Boissery, Tony Dejean, Julie Deter, Nacim Guellati, Florian Holon, Jean-Baptiste Juhel, Philippe Lenfant, Stephanie Manel & David Mouillot
Fabrice Houngnandan, Sonia Kéfi, Thomas Bockel et Julie Deter. “The joint inﬂuence of environmental and anthropogenic factors on the invasion of two alien caulerpaein northwestern Mediterranean” Biological Invasions. 2021. Article accessible ICI:https://rdcu.be/cz2Nu

2020

« Planète Méditerranée« , le livre
Manuscrit de thèse de doctorat de Guilhem Marre : « Développement de la photogrammétrie et d’analyses d’images pour l’étude et le suivi d’habitats marins »
Manuscrit de thèse de doctorat de Fabrice Houngnandan : « IMPACT DES PRESSIONS ANTHROPIQUES ET DE L’ENVIRONNEMENT SUR LES HERBIERS DE POSIDONIA OCEANICA EN MEDITERRANEE FRANÇAISE »
Marre, G., et al. “Deep convolutional neural networks to monitor coralligenous reefs: Operationalizing biodiversity and ecological assessment.”Ecological Informatics. 59 (2020): 101110.
Marre, G., et al. “Fine-scale automatic mapping of living Posidonia oceanica seagrass beds with underwater photogrammetry.”Marine Ecology Progress Series. 643 (2020): 63–74.
Houngnandan, F., S. Kéfi, and J. Deter. “Identifying key-conservation areas for Posidonia oceanica seagrass beds.”Biological Conservation. 247 (2020): 108546.
Boudin E., Carcaillet F., Tribot A.-S., Carabeux Q., Deter J., Claverie T., Villéger S., Mouquet N.« Coral Reef fish: not just a matter of beauty! »2020. Frontiers for Young Minds
Deter J., Juhel J.-B., Boulanger E., Guellati N., Mauron S., Holon F., Mouillot D., Hocdé R. « Gombessa 5 cruise: CTD profiles in western Mediterranean, July 2019 » SEANOE (PDF)

2019

Tribot A.-S., Deter J., Claverie T., Guilhaumon F., Villéger S., Mouquet N. « Species diversity and composition drive the aesthetic value of coral reef fish assemblages ». 2019. Biology Letters 15: 20190703.http://dx.doi.org/10.1098/rsbl.2019.0703.PDF
Marre G., Holon F., Luque S., Boissery P., Deter J. « Monitoring marine habitats with photogrammetry: a cost-effective, accurate, precise and high-resolution reconstruction method ». 2019. Frontiers in Marine Sciences. https://doi.org/10.3389/fmars.2019.00276
Deter J., Holon F., Houngnandan F. « Dynamique et diversité des habitats coralligènes et des herbiers de posidonie en Méditerranée ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p26
Tribot A.-S., Deter J., Mouquet N. « Perception esthétique et diversité des habitats sous-marins ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p32
Marre G., Deter J., Holon F. « La photogrammétrie : une méthode d’observation innovante pour l’étude et la conservation du milieu marin ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p110

2018

Tribot A.-S., Deter J., Mouquet N. 2018.Integrating the aesthetic value of landscapes and biological diversity. Proceedings of the Royal Society Biological Sciences 285: 20180971. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2018.0971
Tribot A.-S., Carabeux Q., Deter J., Claverie J., Villéger S., Mouquet N. 2018.Confronting species aesthetics with ecological functions in coral reef fish. Scientific Reports 8: article number 11733.
Holon F., Marre G., Parravicini V., Mouquet N., Bockel T., Descamp P., Tribot A-S, Boissery P., Deter J. 2018.A predictive model based on multiple coastal anthropogenic pressures explains the degradation status of a marine ecosystem: Implications for management and conservation. Biological Conservation 222 (125-135).
Holon F., J. Deter, A.-S. Tribot. 2018.Mieux connaitre la biodiversité européenne pour mieux la protéger : l’exemple des récifs coralligènes de Méditerranée. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, Janvier 2018.

2017

Deter J., Lozupone X., Inacio A., Delaruelle G., Holon F. 2017.Boat anchoring pressure on coastal seabed: quantification and bias estimation using AIS dat.Marine Pollution Bulletin 123(1-2) 175-181. doi.org/10.1016/j.marpolbul.2017.08.065

Communications / posters

2021

G. Marre et C. Braga « Identification automatique et Photogrammétrie, 2 nouvelles méthodes adaptées à l’étude des récifs coralligènes ».Journées Scientifiques Intelligence Artificielle et Biodiversité de Cemeb
F. Houngnandan, S. Kéfi, J. Deter. “The impact of anthropic and environmental pressures on Posidonia meadows in the French Mediterranean” Oral presentation delivered for Montpellier Global Days Africa 2021″ Montpellier , France, October, 2021

2020

Guilhem MARRE « Photogrammétrie sous-marine et analyses d’images pour le suivi d’habitats benthiques Méditerranéens » communicationàmerIGéo 2020à Bordeaux (Mars 2020)
Julie LOSSENT (Chorus) « Acoustic indices’ 3D maps of benthic biophony in the coral reefs: demonstration in the Philippines through a coupling with photogrammetry » communication àOcean Sciences Meetingà San Diego (Février 2020)

2019

Fabrice HOUNGNANDAN « Which influences of human activities and environmental variables on the spatial configuration of seagrass beds? » posterà la conférence internationaleOceans 2019à Marseille (Juin 2019)
Julie DETER « Biodiversité marine : de l’étude des menaces à la restauration » Journées Mer de l’Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse, Marseille, France (Juin 2019)
Guilhem MARRE « Suivi de communautés coralligènes par des réseaux de neurones convolutifs » –salon de l’écologie 2019,congrès scientifique Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2019)
Fabrice HOUNGNANDAN « Influence relative des pressions anthropiques et de l’environnement sur la configuration spatiale des herbiers de posidonie » –salon de l’écologie 2019,congrès scientifique Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2019)

2018

Julie DETER » Human activities explain the degradation status of a marine ecosystem. Which use for management? »SFEcologie 2018,international conference on ecological sciencesà Rennes (Octobre 2018)
Julie DETER « Quel impact du mouillage de grands navires le long de nos côtes ? Utilisation des données AIS » –Salon de l’écologie 2018,journée Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2018)
Fabrice HOUNGNANDAN « Croiser savoirs de riverains et images aériennes anciennes pour analyser la dynamique paysagère d’herbiers à posidonie en Occitanie » –Salon de l’écologie 2018,journée Ecolo’Techà Montpellier (novembre 2018)
Julie DETER « Outils intégrés pour le suivi et la gestion des herbiers à posidonie » – poster àMerIGéoà Aix-en-Provence (mars 2018)
Guilhem MARRE « Reconstruction d’herbiers et de récifs coralligènes et coralliens »-apéro technique « des images aux modèles 3D »de l’OSU OREMEà Montpellier (mai 2018)

2017

Guilhem MARRE, F. HOLON, S. LUQUE, DETER J. Rencontre entre robotique, photogrammétrie et écologie pour l’étude et le suivi des fonds marins. Présentation,Colloque Méditerranée, une mer sous surveillance, Montpellier, France (Mars 2017)
G. MARRE, F. HOLON, S. LUQUE, DETER J. La photogrammétrie: un outil innovant pour la surveillance de l’environnement marin. Présentation,Journées Mer de l’Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse, Marseille, France (Juin 2017)
Benoit ROPARS et Guilhem MARRE (UM – LabCom R2C) « Rencontre entre robotique, photogrammétrie et écologie au service de l’étude des fonds sous-marins » –Salon de l’écologiede Montpellier,journée Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2017)