Publications

2021

Environmental DNA metabarcoding reveals and unpacks a biodiversity conservation paradox in Mediterranean marine reserves. Proceedings of the Royal Society. Biological Series 2021. Emilie Boulanger, Nicolas Loiseau, Alice Valentini, Véronique Arnal, Pierre Boissery, Tony Dejean, Julie Deter, Nacim Guellati, Florian Holon, Jean-Baptiste Juhel, Philippe Lenfant, Stephanie Manel & David Mouillot
Fabrice Houngnandan, Sonia Kéfi, Thomas Bockel et Julie Deter. “The joint inﬂuence of environmental and anthropogenic factors on the invasion of two alien caulerpaein northwestern Mediterranean” Biological Invasions. 2021. Article accessible ICI:https://rdcu.be/cz2Nu

« Planète Méditerranée« , le livre
Manuscrit de thèse de doctorat de Guilhem Marre : « Développement de la photogrammétrie et d’analyses d’images pour l’étude et le suivi d’habitats marins »
Manuscrit de thèse de doctorat de Fabrice Houngnandan : « IMPACT DES PRESSIONS ANTHROPIQUES ET DE L’ENVIRONNEMENT SUR LES HERBIERS DE POSIDONIA OCEANICA EN MEDITERRANEE FRANÇAISE »
Marre, G., et al. “Deep convolutional neural networks to monitor coralligenous reefs: Operationalizing biodiversity and ecological assessment.”Ecological Informatics. 59 (2020): 101110.
Marre, G., et al. “Fine-scale automatic mapping of living Posidonia oceanica seagrass beds with underwater photogrammetry.”Marine Ecology Progress Series. 643 (2020): 63–74.
Houngnandan, F., S. Kéfi, and J. Deter. “Identifying key-conservation areas for Posidonia oceanica seagrass beds.”Biological Conservation. 247 (2020): 108546.
Boudin E., Carcaillet F., Tribot A.-S., Carabeux Q., Deter J., Claverie T., Villéger S., Mouquet N.« Coral Reef fish: not just a matter of beauty! »2020. Frontiers for Young Minds
Deter J., Juhel J.-B., Boulanger E., Guellati N., Mauron S., Holon F., Mouillot D., Hocdé R. « Gombessa 5 cruise: CTD profiles in western Mediterranean, July 2019 » SEANOE (PDF)

Tribot A.-S., Deter J., Claverie T., Guilhaumon F., Villéger S., Mouquet N. « Species diversity and composition drive the aesthetic value of coral reef fish assemblages ». 2019. Biology Letters 15: 20190703.http://dx.doi.org/10.1098/rsbl.2019.0703.PDF
Marre G., Holon F., Luque S., Boissery P., Deter J. « Monitoring marine habitats with photogrammetry: a cost-effective, accurate, precise and high-resolution reconstruction method ». 2019. Frontiers in Marine Sciences. https://doi.org/10.3389/fmars.2019.00276
Deter J., Holon F., Houngnandan F. « Dynamique et diversité des habitats coralligènes et des herbiers de posidonie en Méditerranée ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p26
Tribot A.-S., Deter J., Mouquet N. « Perception esthétique et diversité des habitats sous-marins ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p32
Marre G., Deter J., Holon F. « La photogrammétrie : une méthode d’observation innovante pour l’étude et la conservation du milieu marin ». 2019.Dossier Agropolis « Sciences Marines », p110

Tribot A.-S., Deter J., Mouquet N. 2018.Integrating the aesthetic value of landscapes and biological diversity. Proceedings of the Royal Society Biological Sciences 285: 20180971. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2018.0971
Tribot A.-S., Carabeux Q., Deter J., Claverie J., Villéger S., Mouquet N. 2018.Confronting species aesthetics with ecological functions in coral reef fish. Scientific Reports 8: article number 11733.
Holon F., Marre G., Parravicini V., Mouquet N., Bockel T., Descamp P., Tribot A-S, Boissery P., Deter J. 2018.A predictive model based on multiple coastal anthropogenic pressures explains the degradation status of a marine ecosystem: Implications for management and conservation. Biological Conservation 222 (125-135).
Holon F., J. Deter, A.-S. Tribot. 2018.Mieux connaitre la biodiversité européenne pour mieux la protéger : l’exemple des récifs coralligènes de Méditerranée. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, Janvier 2018.

Deter J., Lozupone X., Inacio A., Delaruelle G., Holon F. 2017.Boat anchoring pressure on coastal seabed: quantification and bias estimation using AIS dat.Marine Pollution Bulletin 123(1-2) 175-181. doi.org/10.1016/j.marpolbul.2017.08.065

G. Marre et C. Braga « Identification automatique et Photogrammétrie, 2 nouvelles méthodes adaptées à l’étude des récifs coralligènes ».Journées Scientifiques Intelligence Artificielle et Biodiversité de Cemeb
F. Houngnandan, S. Kéfi, J. Deter. “The impact of anthropic and environmental pressures on Posidonia meadows in the French Mediterranean” Oral presentation delivered for Montpellier Global Days Africa 2021″ Montpellier , France, October, 2021

Guilhem MARRE « Photogrammétrie sous-marine et analyses d’images pour le suivi d’habitats benthiques Méditerranéens » communicationàmerIGéo 2020à Bordeaux (Mars 2020)
Julie LOSSENT (Chorus) « Acoustic indices’ 3D maps of benthic biophony in the coral reefs: demonstration in the Philippines through a coupling with photogrammetry » communication àOcean Sciences Meetingà San Diego (Février 2020)

Fabrice HOUNGNANDAN « Which influences of human activities and environmental variables on the spatial configuration of seagrass beds? » posterà la conférence internationaleOceans 2019à Marseille (Juin 2019)
Julie DETER « Biodiversité marine : de l’étude des menaces à la restauration » Journées Mer de l’Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse, Marseille, France (Juin 2019)
Guilhem MARRE « Suivi de communautés coralligènes par des réseaux de neurones convolutifs » –salon de l’écologie 2019,congrès scientifique Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2019)
Fabrice HOUNGNANDAN « Influence relative des pressions anthropiques et de l’environnement sur la configuration spatiale des herbiers de posidonie » –salon de l’écologie 2019,congrès scientifique Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2019)

Julie DETER » Human activities explain the degradation status of a marine ecosystem. Which use for management? »SFEcologie 2018,international conference on ecological sciencesà Rennes (Octobre 2018)
Julie DETER « Quel impact du mouillage de grands navires le long de nos côtes ? Utilisation des données AIS » –Salon de l’écologie 2018,journée Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2018)
Fabrice HOUNGNANDAN « Croiser savoirs de riverains et images aériennes anciennes pour analyser la dynamique paysagère d’herbiers à posidonie en Occitanie » –Salon de l’écologie 2018,journée Ecolo’Techà Montpellier (novembre 2018)
Julie DETER « Outils intégrés pour le suivi et la gestion des herbiers à posidonie » – poster àMerIGéoà Aix-en-Provence (mars 2018)
Guilhem MARRE « Reconstruction d’herbiers et de récifs coralligènes et coralliens »-apéro technique « des images aux modèles 3D »de l’OSU OREMEà Montpellier (mai 2018)

Guilhem MARRE, F. HOLON, S. LUQUE, DETER J. Rencontre entre robotique, photogrammétrie et écologie pour l’étude et le suivi des fonds marins. Présentation,Colloque Méditerranée, une mer sous surveillance, Montpellier, France (Mars 2017)
G. MARRE, F. HOLON, S. LUQUE, DETER J. La photogrammétrie: un outil innovant pour la surveillance de l’environnement marin. Présentation,Journées Mer de l’Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse, Marseille, France (Juin 2017)
Benoit ROPARS et Guilhem MARRE (UM – LabCom R2C) « Rencontre entre robotique, photogrammétrie et écologie au service de l’étude des fonds sous-marins » –Salon de l’écologiede Montpellier,journée Ecolo’Techà Montpellier (Novembre 2017)